Menurut Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 13 Tahun 2006, kepala daerah menyusun rancangan KUA dan rancangan PPAS berdasarkan RKPD dan pedoman penyusunan APBD yang ditetapkan Menteri Dalam Negeri setiap tahun. Pedoman penyusunan APBD memuat antara lain:
Dalam menyusun rancangan KUA dan rancangan PPAS, kepala daerah dibantu oleh Tim Anggaran Pemerintah Daerah (TAPD) yang dipimpin oleh sekretaris daerah. Rancangan KUA dan rancangan PPAS yang telah disusun disampaikan oleh sekretaris daerah selaku ketua TAPD kepada kepala daerah, paling lambat pada minggu pertama bulan Juni.
Rancangan KUA memuat kondisi ekonomi makro daerah, asumsi penyusunan APBD, kebijakan pendapatan daerah, kebijakan belanja daerah, kebijakan pembiayaan daerah, dan strategi pencapaiannya. Strategi pencapaian memuat langkah-langkah kongkret dalam mencapai target.
Rancangan PPAS disusun dengan tahapan sebagai berikut:
Rancangan KUA dan rancangan PPAS disampaikan kepala daerah kepada DPRD paling lambat pertengahan bulan Juni tahun anggaran berjalan untuk dibahas dalam pembicaraan pendahuluan RAPBD tahun anggaran berikutnya. Pembahasan dilakukan oleh TAPD bersama panitia anggaran DPRD. Rancangan KUA dan rancangan PPAS yang telah dibahas selanjutnya disepakati menjadi KUA dan PPAS paling lambat akhir bulan Juli tahun anggaran berjalan. Format KUA dan PPAS tercantum dalam Lampiran A.X.a dan A.XI.a Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 13 Tahun 2006.
KUA dan PPAS yang telah disepakati masing-masing dituangkan ke dalam nota kesepakatan yang ditandatangani bersama antara kepala daerah dengan pimpinan DPRD dalam waktu bersamaan. Dalam hal kepala daerah berhalangan, yang bersangkutan dapat menunjuk pejabat yang diberi wewenang untuk menandatangani nota kesepakatan KUA dan PPAS. Dalam hal kepala daerah berhalangan tetap, penandatanganan nota kesepakatan KUA dan PPAS dilakukan oleh pejabat yang ditunjuk oleh pejabat yang berwenang. Format nota kesepakatan tercantum dalam Lampiran A.XII.a Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 13 Tahun 2006.
Berdasarkan nota kesepakatan, TAPD menyiapkan rancangan surat edaran kepala daerah tentang pedoman penyusunan Rencana Kerja dan Anggaran SKPD (RKA-SKPD) sebagai acuan kepala SKPD dalam menyusun RKA-SKPD. Rancangan surat edaran kepala daerah tentang pedoman penyusunan RKA-SKPD mencakup:
Surat edaran kepala daerah perihal pedoman penyusunan RKA-SKPD diterbitkan paling lambat awal bulan Agustus tahun anggaran berjalan.